CrashPlan definitivamente suporta isso. Mas você precisa configurá-lo antes de começar a fazer o backup de um sistema. Alterar os tipos de criptografia depois que você já começou a fazer backup requer o início.
Este é um link para um documento de suporte com detalhes sobre o uso de uma chave privada. Basicamente, você pode gerar a chave privada usada e nunca enviá-la para a nuvem. Mas obviamente seus dados são torrados se você perder a chave.