O PuTTyGen cria uma chave ssh na caixa de onde você está se conectando, a área de trabalho. A chave pública e a chave privada residem em um diretório: ssh (assumindo janelas). Deixe-os lá.
Na caixa UNIX remota da conta que você pretende conectar para criar um diretório .ssh
no diretório de login. O diretório .ssh precisa ter 700 permissões, o diretório de login 755. Use o psftp (ou plink) convencional para copiar a chave pública do diretório ssh de destino para o diretório remoto .ssh.
O host remoto tem arquivos em / etc:
./ssh/ssh_config
./ssh/sshd_config
Eles controlam o acesso que você tem e quem / como você faz login.
Parece-me mais que você está usando o diretório ativo ou o cifs (samba) para obter acesso do aplicativo do desktop para os arquivos da caixa do Unix, o que é diferente do login como usuário.