Eu finalmente descobri isso com uma pequena ajuda de algumas pessoas no canal fedora-qa irc. O importante é perceber que o comando acima não adiciona o diretório .winfonts à lista de diretórios que o fontconfig procura por fontes.
Para adicionar este diretório, você pode editar o arquivo .font.conf em seu diretório pessoal e adicionar
<dir>/home/varun/.winFonts</dir>
para o xml como filho do fontconfig.
Em seguida, a execução do comando fc-cache -fv
resultará na adição das fontes à lista de fontes disponíveis.