Se você deseja executar duas instâncias separadas do Windows 7, você está digitando em cinza no EULA, a menos que compre duas licenças.
Se você quiser duas instâncias isoladas do Windows 7, precisará de duas instalações separadas. Por exemplo, com o VMWare, você pode inicializar o Windows a partir da partição física como uma máquina virtual. No entanto, isso não é o que você quer, pois o isolamento era importante.
Para clonar o Windows 7, consulte, por exemplo, esta pergunta .
Se a virtualização for descartada, você precisará de duas (ou três, se tiver também o Linux) partições e duas instalações separadas. Claro, a maneira mais fácil é instalar o Windows duas vezes. Se você não quiser fazer isso, poderá clonar sua instalação atual e configurar o gerenciador de inicialização (o GRUB ou o Windows integrado) para fornecer entrada de menu para ambos durante a inicialização.
Existe uma chance teórica de contaminação, se ambos os discos estiverem disponíveis. No entanto, se você não estiver montando outro disco do Windows, o bootloader contaminado é o seu único risco. Você pode reduzir esse risco usando o GRUB para inicializar suas instalações do Windows.