Verifique o conteúdo de / home / * como root para ver se talvez os direitos de acesso foram revogados da sua conta de usuário por algum motivo.
Se sua pasta / home estiver em sua própria partição, ela pode ter sido desmontada, portanto, procure por montagens, por exemplo, executando "mount" em um shell.
Caso contrário, um problema no disco rígido parece-me provável se você mesmo não tiver excluído o conteúdo ou executado algum software suspeito.