Eu usei o Windows XP Embedded em um dispositivo antes (Digital Signage device) e ele grava alterações na memória protegida, motivo pelo qual o arquivo em lote e as configurações de configuração de IP estão sendo excluídos. Você precisará inserir o BIOS do dispositivo e desativar essa proteção, fazer quaisquer alterações necessárias e reativar a proteção. Isso me pegou e me causou horas de confusão até que percebi que esse era o problema.
Isso é chamado de EWF (Enhanced Write Filter). A documentação do MSDN pode ser encontrada aqui , e uma comparação entre XP normal e XP embutido podem ser encontrados aqui (.pdf) . Os recursos do Additiondal MSDN podem ser encontrados aqui .