Você pode passar a sinergia de um parâmetro de linha de comando para registrar tudo:
synergys --log /tmp/synergys.log
Você pode passar o --log para o lado do cliente também. Se você estiver usando um utilitário de GUI para fazer isso, deve haver uma opção em algum lugar para definir o Synergy para gerar um arquivo de log. A execução do terminal, no entanto, seria a melhor opção para solucionar problemas.
Infelizmente, você não está claro o suficiente sobre se está usando o Synergy com uma GUI, se a caixa do Ubuntu é o cliente, ou coisas assim.