Quando você chamar unison em seu script sync.sh , faça o seguinte:
unison ... 2>&1 | grep -vE '^[\|/-]|^$'
Isso removerá ( -v ) todas as linhas que corresponderem à expressão normal: todas as linhas que começam com um desses caracteres: \|/- ou linhas vazias completas ( ^$ ).
Editar : Se você quiser que o cronjob seja filtrado, use:
@reboot /path/to/sync.sh -batch 60 2>&1 | grep -vE '^[\|/-]|^$' >> /path/to/logfile