A ferramenta que eu geralmente uso para esse tipo de tarefa é o kdiff3 (especialmente se você estiver procurando por diferenças no texto). É uma ferramenta de código aberto e você pode simplesmente selecionar tudo, copiar e colar o conteúdo do e-mail para a esquerda e repetir o processo com o outro e-mail para o lado direito da janela do programa kdiff3. É rápido e eficiente: -)