Primeiramente, (quase) qualquer parte do sistema de arquivos pode ser movida para outro disco, desde que as regras apropriadas de /etc/fstab estejam configuradas para que ele seja montado na inicialização; /home em um disco separado não é incomum, mas não há motivo para não fazer o mesmo com /opt ou /usr .
Quanto ao local onde eles serão instalados, não sei. Eu acho que o recente pacote humble et al tem instalado principalmente em /opt (alguém pode confirmar?).
No caso do L4D2, eu assumo que isso vai chegar junto com o steam para Linux, e portanto a instalação provavelmente não será gerenciada por apt , mas o instalador de vapor criará sua própria área de instalação gerenciada em algum lugar (como em Program Files\Steam\steamapps on windows) - talvez isso seja configurável, mas não podemos dizer até conseguirmos ver.