Ir para a versão empacotada que é instalada dos repositórios é uma boa estratégia padrão. Se você precisar de uma versão de ponta que ainda não esteja empacotada, você tem algumas opções:
- crie um pacote você mesmo
- instale o eclipse em seu diretório inicial, você pode fazê-lo com privilégios de usuário regulares e manter seu sistema limpo