(perhaps it only adds the file extension because I have the explorer option turned on to view all file extensions...?)
Talvez tente desativar essa opção.
Se esse tempo for muito grande, perder as extensões no Explorer provavelmente será menor do que ter que excluir manualmente uma extensão o tempo todo.
Como alternativa, modificar seu fluxo de trabalho pode ajudar. Copie o documento para o novo nome de arquivo primeiro, depois edite-o e use apenas "Salvar" do Office. No Vista / 7 Explorer, quando você vai renomear um arquivo, a extensão não é selecionada por padrão.