Primeiro, o Linux não possui "armazenamento local certificado". A maioria dos programas apenas mantém as chaves onde quiserem. Acho que o Chrome foi o primeiro a propor um banco de dados compartilhado por vários programas, o ~/.pki/nssdb .
Mas uzbl não usará o banco de dados, a menos que seja informado - o que é altamente improvável, considerando que uzbl não usa NSS. ( libsoup , a biblioteca HTTP usada por uzbl , usa o GnuTLS.)
Além disso, parece que uzbl nem sequer suporta verificação de certificado de servidor , para não mencionar a autenticação do cliente.