Eu não testei isso, mas não consigo ver por que você não pode criar uma pasta que você adiciona para sincronizar com o SyncToy, o Dropbox, o Windows Live Mesh etc. e, em seguida, criar links simbólicos para os arquivos individuais que deseja sincronizar. dentro dele.
por exemplo,
cd synced_folder
mklink syncedfile.txt c:\%userprofile%\documents\syncedfile.txt