Parece que o IME muda para o modo kana quando digita a "outra janela".
Eu não sei o que causa isso, mas talvez você possa tentar redefinir a configuração do IME?
Editado:
Encontrei alguns sites japoneses reclamando do mesmo problema.
Uma correção rápida é usar Ctrl
+ Shift
+ Caps Lock
para alternar entre o modo Romaji e o modo Kana.