Sobre a execução no login (não na inicialização):
Você pode configurar aplicativos para iniciar no login por meio de Preferências do Sistema, Contas, Itens de Login. Se você quiser que um aplicativo gráfico ("barra de menus") inicie na inicialização, ou seja, antes que qualquer usuário faça o login, duvido que isso seja possível.
Sobre a execução "na barra de menu em vez do Dock :
Não há absolutamente nenhuma maneira de conseguir isso como um usuário. Você pode ocultar o ícone do Dock para determinados aplicativos , mas esse removerá a barra de menus do aplicativo. E assim como não é possível remover os ícones da barra de menus em todos os casos , não é possível "mover" aplicativos para a barra de menus, se eles não forem especificamente projetados para isso.