Eu não coloco o gerenciador de inicialização em mídia ótica, em vez disso, eu faço o checksum do bootloader a partir da mídia ótica e carrego-o para verificar se ele não é adulterado. A cópia / remoção do boot loader pode ser feita com o dd de uma distro live do linux.
MagicISO é um gui que suporta cópia / backup de setores de inicialização e gravação em mídia ótica, mas eu não tentei com o loader TrueCrypt