I know you can change the source folder and output folder, but when I do change the source folder, the files that I want inside it do not physically move to that folder
Você está certo: o Eclipse não moverá esses arquivos.
A maneira mais simples de organizar esses arquivos é:
- copie as fontes na sua pasta 'src'.
- copie as bibliotecas em uma pasta 'lib' no mesmo nível que
src
. - crie um projeto Eclipse a partir da origem existente selecionando o diretório pai de 'src' (que gerará seus
.project
e.classpath
logo acima do diretóriosrc
).
Não selecione o local padrão (o que criaria o projeto em sua área de trabalho do Eclipse). - você deve ver o diretório
lib
ao longo desrc
em seu projeto. Você pode adicionar qualquer jar dentro dela como biblioteca.