fdisk
gerencia partições, mas não formata ou grava dados no disco.
Para formatar o disco, use mkfs
# FAT
mkfs.vfat /dev/sdxy # /dev/sdxy is your usb
# Or for ext4
mkfs.ext4 /dev/sdxy
No entanto, a formatação não sobrescreve seus dados, apenas remove os ponteiros para onde eles estão. Para sobrescrever seus dados, você realmente precisa escrever sobre ele, use dd
ou um utilitário como scrub
scrub /dev/sdxy
Veja também man scrub