Você deve particioná-lo, pois é provável que você tenha problemas ao usar o Ubuntu no NTFS. Eu sugiro manter um pedaço para aplicativos portáteis e decidir se você deseja usar FAT32 ou NTFS nessa partição. FAT32 é melhor suportado no Linux, mas tem um limite de tamanho de arquivo de 4GB. Não tenho certeza se algum de seus aplicativos portáteis tem um requisito para NTFS, mas eles devem ser executados sem problemas no FAT32.