As únicas diferenças entre Sata e eSata são o estilo do conector e os cabos eSata são blindados. Deve funcionar. Você pode ter problemas ao conectá-lo durante a inicialização se o AHCI não estiver habilitado no BIOS e o software não estiver instalado para ele.
AHCI permite o hot plugging do Sata.
Se o AHCI não estiver habilitado no BIOS ou não tiver a opção de usá-lo, esse é outro problema a ser resolvido, você terá que conectar e ligar o drive externo antes de inicializar o PC se o AHCI não for ativado ou não disponível.