Estou usando o Evernote com vinho também e ainda é buggy. A melhor opção que tenho até agora é instalar a caixa virtual e executar uma versão do windows, depois instalar a versão do Evernote no windows. O Evernote funciona muito bem, mas os problemas óbvios são o alto uso de recursos e o sistema operacional desarticulado (entre linux e windows).
Eu tenho procurado por uma porta com todos os recursos para o Evernote para Linux e neste momento eu não acho que há realmente boas opções.
NixNote e Nevernote, ambos sugam minha opinião. Portanto, sinta-se à vontade para experimentá-los, mas certamente não fiquei impressionado.
Uma outra opção é instalar quantos plug-ins de navegador você puder para o Evernote e algo próximo da mesma funcionalidade. Novamente, não é uma ótima solução, mas é o que está disponível no momento.
Se alguém tiver outras ideias, eu adoraria ouvi-las, já que estou no mesmo barco aqui.