Você tem opções. Você pode não gostar deles.
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Controle físico. Existem compartimentos de unidade hot-swappable (que eu menciono porque eles são projetados para facilitar a capacidade de swap, não porque você iria querer trocá-los enquanto a máquina estava rodando), ou você pode ser capaz de encontrar um switch físico que irá alternar entre dois discos rígidos ... Eu nunca vi um, mas nunca olhei. Em qualquer caso, se a unidade não estiver conectada à máquina, ela não poderá afetá-la, independentemente dos privilégios.
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Criptografia. Você pode usar criptografia independente do sistema operacional, como TrueCrypt. A parte demorada é única (somente para criptografia), e você deve ser capaz de descriptografá-la mais tarde, independentemente do SO que você usa. Eu encontrei discos rígidos criptografados para não afetar visivelmente o desempenho, mesmo em um CPU limitado como um laptop. O lado negativo dessa opção é duplo.
Como o disco rígido ainda está conectado, seu irmão ainda pode corromper o disco criptografado conectado.
Você está vulnerável ao ataque "Evil Maid" na situação em que seu irmão adquire spyware / vírus super-sofisticados.