Se você tiver um meio de armazenamento grande o suficiente para conter todos os seus dados (como um HD externo), você pode usar Uníssono para sincronizar o servidor < - > Computador < - > Dispositivo. Você pode configurá-lo para ser executado silenciosamente e na frequência desejada. O uníssono é bastante seguro e faz a coisa certa nos casos de canto.
Se você quiser armazenar apenas os arquivos em um pequeno pendrive, não conheço um software, mas existem soluções feitas à mão. Você pode hackear com localizar e rsync para gravar de forma incremental os arquivos alterados recentemente e definir uma tarefa cron para torná-la automática. Quando seu pendrive ficar cheio, apenas sincronize com o backup on-line e exclua tudo ... o próximo rsync automático fará o trabalho para você.