Depende do mecanismo de banco de dados que você está usando (o MySQL usa mais frequentemente o MyISAM ou o InnoDB). Para obter as melhores informações, você deve começar com a documentação do MySQL para a versão do MySQL que você está executando ( documentação de backup e recuperação do MySQL 5.1 . Você não deve copiar manualmente os arquivos que estão em uso, pois alguns bancos de dados não irão liberar as alterações no disco sem ser explicitamente instruído a fazê-lo.