Eu tive requisitos semelhantes. Minha solução era fazer backup de um backup diário para um diretório e, em seguida, podar com base na data.
find /path/to/backups/ -name 'tomcat*.tar.bz2' -atime +3 -mtime +3 -exec rm {} \;
DATE=$(date '+%Y-%m-%d')
tar -C /path/to/tomcat/root -cjvf /path/to/backups/tomcat-${DATE}.tar.bz2 .
Obviamente, coloque isso no cron. Correr uma vez por dia.