Sim, você poderá retomá-lo mais tarde, mas demorará um pouco para que o Time Machine descubra de onde parou, especialmente se esse for o backup inicial de todo o seu computador.
O Time Machine faz seus backups em uma pasta que tem uma data e hora seguidas de "inProgress". Somente quando terminar de copiar as coisas, ele moverá a pasta para um backup normal, ou seja, apenas uma data e hora.