Se você estiver usando o Windows Vista, o Windows 7 ou o Windows 2008 / R2, talvez já o faça em segundo plano.
Pessoalmente, eu gostaria e não deveria haver mais risco em comparação a fazê-lo em um disco rígido comum.
No entanto, dê uma olhada primeiro no driver RAID / software (se ele vier com qualquer um) - geralmente apenas em soluções de hardware raid de ponta, veja se ele tem um utilitário / função de desfragmentação embutido.