Resolvido. Estes são os passos que segui:
- Encerre o Empathy se estiver em execução.
- Inicie a empatia. Então, Editar - > Preferências - > Notificações Desmarque a caixa "Mostrar mensagens recebidas no menu de mensagens". Isto irá colocar o ícone de notificação do Empathy bubble no painel.
O processo funcionará independentemente de você ter o Indicador-Applet adicionado ao seu painel ou não.