Isso não permite ignorar uma caixa de correio arbitrária, mas se você selecionar sua pasta de spam no IMAP e acessar a caixa de correio > Use This Mailbox For, você pode dizer ao Mail para usar essa pasta como a pasta Junk. Isso excluirá as pesquisas do Spotlight.
Como alternativa, se você fizer login no webmail e adicionar os "Controles avançados de IMAP" na seção "Labs" das configurações, poderá excluir determinadas pastas de aparecerem no IMAP por completo.