Se você não tiver permissão para (sobre) gravar arquivos na árvore de diretórios $ HOME / .netbeans, o NetBeans não poderá atualizar seu estado. Pode ser que você tenha iniciado o NetBeans como usuário root enquanto o $ HOME ainda estava apontando para o seu diretório de login.
Não é possível confirmar no momento, mas espero que ajude.