Uma das melhores ferramentas que você pode usar para responder sua pergunta é usar um cartão Endace DAG. Isso forneceria uma "referência externa de tempo" baseada em hardware e confiável para avaliar o desempenho dos dois computadores. É muito caro e talvez não seja o que você está procurando.
O RADclock em execução nos desktops deve fornecer um limite superior ao erro. /var/log/radclock.log deve imprimir regularmente mensagens semelhantes a esta:
i=12345: Clock Error Bound (cur,avg,std) 0.015686 0.011903 0.005100 [ms]
O primeiro valor é a medição "instantânea", o segundo uma média de janela deslizante e o último o desvio padrão correspondente. O segundo valor é uma boa estimativa e, no exemplo acima, o limite superior do erro é de cerca de 12 microssegundos. Tudo o que o RADclock pode dizer é que o erro dele é menor do que isso, o que é um comentário realista sem uma melhor "referência externa".
Agora você pode tentar usar o ntpdate ou escrever seu próprio script ntpdate para obter o tempo RADclock de cada computador desktop. O RADclock serve o tempo, então você pode checar a sincronização, mas é provável que o RTT entre as duas máquinas e a assimetria seja muito grande para você concluir qualquer coisa.
Dê uma olhada neste artigo se estiver interessado em alguns detalhes:
A Methodology for Clock Benchmarking