Os parâmetros são encapsulados em colchetes [], o que significa que eles são opcionais.
É melhor ler a documentação do seu aplicativo para ver o que especificar e o que não,
Você também pode tentar procurar exemplos ou guias no Google para entender mais sobre isso.
Se souber onde está a configuração, pode ser tão simples como:
gendarme
Se não for, pode ser:
gendarme --config C:\PathToA\File.ext
Ou ainda mais do que isso, se você precisar especificar um conjunto de regras ...