rdiff-backup parece satisfazer a maioria dos seus critérios.
- 'Perfil' é apenas uma tarefa do cron (no comando) que agenda o backup com strings de origem e destino
- versionamento, sim, tem isso.
- é executado localmente ou por cima do ssh, sim, tem isso.
- notificação por e-mail, parte do cron job, exemplos são abundantes, o google é seu amigo.
- limpeza pode ser apenas outro trabalho agendado.
- Backup do MySQL Eu não sei, nunca tive necessidade disso.
- Metadados do Mac OSX, o Documentos diz que sim. Eu não executo o Mac OSX, então você terá que verificar em seu próprio hardware.