O Ubuntu não é tão conectado ao hardware como muitas outras distribuições linux. Um exemplo disso é dar uma olhada na quantidade de módulos do kernel. O número que o Ubuntu usa é completamente desnecessário, mas eles precisam estar todos lá se você quiser conectar um novo hardware sem precisar recompilar seu kernel. Você poderia realmente instalar em um disco rígido, tirar esse disco rígido e movê-lo para um computador diferente e inicializá-lo, e você teria o mesmo sucesso que você vê com o seu pen drive.
Existem, é claro, muitas coisas que não serão tão fáceis. Os dois principais exemplos que vêm à mente são drivers de vídeo e drivers sem fio. Se você instalar os drivers da Nvidia em um computador com uma placa de vídeo nvidia e mudar para um computador que não seja da nvidia, você poderá ter problemas. Analisei bastante documentação do Ubuntu para referências a instalações USB, e nenhuma mencionou diferenças em uma instalação de disco rígido. Eu realmente não acho que haverá problemas imprevistos de fazer a instalação em um computador e mudar para outro, além das coisas normais que você teria que fazer para começar a trabalhar (como instalar os drivers de vídeo corretos).
Você sabe, existem outras opções também. Se você está apenas tentando instalar o Ubuntu em um computador sem uma unidade de CD, você pode instalar o pendrive USB. Ou, se você está tentando executar o Ubuntu de um computador sem um disco rígido, você pode configurar uma inicialização de rede onde todos os dados são armazenados na rede e o computador pode permanecer sem disco rígido. Correr um sistema operacional de um pendrive não é necessariamente a melhor opção, pois os pendrives têm uma vida limitada. Eles só podem lidar com tantas leituras / gravações antes de quebrarem ... muito menos do que um disco rígido comum ... É por isso que ou Harddrives de estado sólido são muito mais caros que flashdrives, mesmo sendo muito semelhantes. Os discos rígidos precisam suportar muito mais leitura / gravação, entre outras coisas. Converse com qualquer pessoa que use um thumbdrive várias vezes ao dia e você verá o que quero dizer. Muitos se desgastam em questão de um ano ou dois. Um SO faz muito mais leitura / gravação do que apenas colocar arquivos regulares dentro e fora da unidade ... Coisas como SWAP estão em fluxo constante.