O que você está usando para sublinhar o texto? Eu estou supondo que é algo diferente de \underbar{} , o que não afeta o fluxo e o empacotamento. Você pode ver o TeX subjacente no LyX com View ➤ View Source.
Além disso, no TeX, geralmente, o sublinhado raramente deve ser usado, pois é uma convenção de máquinas de escrever, não tipógrafos. Itálicos, mudanças de fontes e até mesmo caixas são melhores maneiras de ativar o texto no TeX. Eu também estou supondo que foi muito difícil forçar o LyX a sublinhar e então você acabou acidentalmente formando um indivisível TeX box que - por definição - não consegue quebrar.
O LyX é muito bacana para o que faz, mas é apenas um invólucro para o TeX e provavelmente produzirá mais tais mistérios quando provocado. Não estou dizendo "learn TeX", estou sugerindo que você se familiarize com o "documento real" mantendo a exibição da fonte aberta.