O Reparo de Inicialização provavelmente retornou seu sistema ao ponto de restauração anterior que foi conhecido por inicializar com êxito. Pontos de restauração do sistema não devem conter nada, exceto arquivos do sistema, mas é possível que ele tenha acionado algo no serviço de Cópias de Sombra de Volume para tentar restaurar arquivos em seus diretórios pessoais - imagino que é onde as versões antigas dos seus documentos vieram de.
Espero que você não tenha perdido nenhum dado importante, embora tenha tentado primeiro pesquisar na guia "Versões mais antigas" nas propriedades do arquivo de uma versão mais recente do arquivo. Se isso não lhe der sorte, pare de usar o sistema e pesquise neste site por postagens sobre recuperação de arquivos - há uma boa chance de os arquivos ainda estarem ocultos em seu disco rígido, desde que não tenham sido sobrescritos.