Se você estiver usando uma imagem de disco criptografada descompactada com um tamanho pequeno de bloco, pequenas alterações na partição resultarão em pequenas alterações na imagem criptografada, o que é adequado para o rsync. Truecrypt deve fazer o truque.
Não seria benéfico (do ponto de vista do rsync) dividir a imagem em arquivos diferentes, porque o rsync não procura por dados comuns nos arquivos, apenas no mesmo arquivo.