diferentes placas de áudio geralmente têm um programa 'mixer' que vem com elas, ou às vezes você pode misturar volumes no próprio windows. Estou no dia 7, então não me lembro exatamente do Vista, mas clicando uma vez (clique com o botão esquerdo) no pequeno ícone de volume no relógio, na barra de tarefas, aparece o controle deslizante de volume com 'mixer' embaixo.
Dependendo de quantos aplicativos eu tenho aberto, a próxima janela muda ... Eu posso ter o Windows Media Player definido em 50%, com o WoW em 90%, etc etc.
Tente abrir alguns aplicativos diferentes e verifique se isso funciona?