É possível alterar os valores do parâmetro jre depois que o arquivo exe é gerado através do Launch4j?
O cenário ideal é assim:
Os valores de parâmetros padrão são aplicados quando o programa é iniciado. No entanto, quando o usuário deseja alterar alguns valores do parâmetro jre, ele vai para um arquivo .ini, por exemplo, MyProgram.ini altera os valores e os novos valores serão aplicados na próxima vez em que o programa for iniciado. Eu acho que o eclipse usa o mesmo caminho para sua memória e algumas outras configurações de parâmetros.
Esta pergunta provavelmente seria melhor no StackOverflow.
Dito isso, você examinou a seção Opções adicionais da JVM nos documentos? Eu não sei se funciona para opções de linha de comando, mas você pode usá-lo para definir as propriedades do sistema, pelo menos. Outra ideia é, você sabe, deixar o programa Java ler um arquivo de configuração, em vez de ter o Launch4J fazendo isso.