Pode ser que o servidor mysql tenha a rede restrita ou desativada.
Pesquise pelo arquivo my.cnf
e procure por qualquer uma das seguintes linhas no arquivo na seção [mysqld]
.
skip-networking
bind-address = 127.0.0.1
delete ou comente estas linhas e reinicie o mysqld.
FYI: o mysqld usa a porta tcp 3306 para comunicação com o cliente.