Acho muito improvável que um endereço MAC esteja perdido ou incompleto. No caso do meu PC em casa, de alguma forma eu consegui substituir o MAC persistentemente em 12: 34: 56: 78: 90: ab. Então eu tenho um problema agora com o wake on lan.
No seu caso, parece que o problema pode persistir uma reinicialização, mas não um desligamento / inicialização de um único PC. Você já verificou se a desconexão / replicação do cabo de rede muda alguma coisa?
Qual versão do kernel você está usando? Há algum problema com a configuração do seu switch? Eu tive problemas com o Flow-Control no passado.