Você precisa verificar várias coisas:
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Execute o Gerenciador de tarefas, mude para a guia "Processos" e marque a opção "Mostrar processos de todos os usuários". Então, quando você classifica pelo uso da CPU, há algo que se destaca como anormal? Faça isso com o mínimo possível de execução (sem janela do Explorer ou navegador da Web, etc.).
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Execute uma verificação de vírus / adware. Você diz que não acha que é um desses, mas vale a pena descartá-lo definitivamente.
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Execute uma varredura de memória. Isso deve mostrar que tudo está OK, mas novamente excluirá problemas de memória.
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Pense de novo - houve algo (não importa quão trivial) que tenha mudado dois ou três dias atrás. Se você instalou alguma coisa, desinstale-a e veja se isso ajuda. Se você tiver um ponto de restauração antes de os problemas começarem a reverter e ver se isso cura o problema.
Se o problema persistir, não sei o que poderia ser, mas você terá muito mais informações a serem adicionadas à pergunta para que outra pessoa possa ajudar.