Algumas placas-mãe suportam isso e têm uma opção no BIOS para selecionar se é a placa PCI ou a placa PCI-E que é usada durante o POST.
Mas, de acordo com o manual do usuário do P6T-E, ele não possui essa opção no BIOS. Eu suponho que sempre usará a placa PCI-E. Você pode tentar, porém, a placa gráfica PCI deve ser bastante barata hoje em dia.
Não há entrada no BIOS para selecionar qual placa PCI-E será usada na inicialização, então eu suponho que ela sempre usará a do Slot 1.