Parece que você tem algo em execução que usa muitos recursos e, quando você faz logoff, ele é limpo. Assim, quando você faz logon na interface do usuário, é normal.
Comece com uma verificação de malware usando algo como Ad Aware e também uma verificação completa de vírus pode estar em ordem também.
A seguir, e mais manual, é verificar quais aplicativos e serviços são executados na inicialização. Quando você chegar ao problema, feche cada um deles (além dos OS básicos, é claro!) E veja se isso cura o problema. Se você fechar um e a interface do usuário retornar ao normal, você encontrou o culpado.
Em seguida, desinstale esse aplicativo (se puder) ou não consiga ter certeza de ter a versão mais recente instalada.