Infelizmente, o Windows Explorer e o Windows Internet Explorer estão interligados de algumas maneiras bastante obscuras, e isso inclui a capacidade de executar atalhos.
Ainda bem que o usuário encontrou uma solução alternativa para si mesmo, mas para qualquer usuário com problema semelhante:
A partir da contabilidade do usuário, soa exatamente como se a extensão de arquivo .lnk (atalhos) estivesse vinculada a um tipo de execução inválido. Se não estivesse vinculado a esse tipo de execução inválido ou corrompido, o atributo global no Windows 7 teria sido utilizado em seu lugar. No Windows 7, é muito fácil reatribuir o método de tratamento padrão dessa extensão específica.
A utilização da seguinte aplicação permitiria ao usuário desvincular a associação de extensão de arquivo .lnk globalmente, resolvendo assim o conflito: link