Tecnicamente não - mas sim você deveria!
Basicamente, a razão para sim é que é simplesmente a melhor prática - qualquer tipo de malware pode infectar sua máquina entre atualizações (por exemplo, surto de 0 dias) e estar em sua máquina. A verificação do seu computador verificará seu disco rígido com as assinaturas mais recentes e simplesmente garantirá sua proteção.
No entanto, eu também disse tecnicamente não - Um vírus não pode causar nenhum dano simplesmente por estar lá, ele precisa ser executado. Mas, você também precisa entender como chegou lá em primeiro lugar.
Você poderia ter sido infectado por uma exploração de tipo de dia 0 no Acrobat, Flash, Java ou outro que executou - não sendo detectado pelo scanner e deixou alguns arquivos, tecnicamente inofensivos, mas ainda parte desse vírus - ou Poderia deixar algo como uma tarefa agendada para ser executada em uma data posterior.
No entanto, quando você atualiza seu scanner, ele deve ser capaz de detectar qualquer processo ativo que tenha passado por ele se ainda estiver em execução e também detectar qualquer parte do malware (por exemplo, se ele deixou uma tarefa agendada ou a. dll carregado no Windows). Mas, se conseguisse entrar no seu sistema, tecnicamente, também poderia ter instalado um rootkit ou outros mecanismos de bypass.
De qualquer forma - é muito provável que não surja nada (além de possíveis cookies de rastreamento ou outras coisas inofensivas dependendo do scanner), mas não há danos na digitalização - pessoalmente, eu deixaria como uma tarefa agendada.