Foi porque o daemon gnome-settings não foi carregado em meus programas de inicialização. Ter adicionado novamente como uma entrada e agora tudo está funcionando bem!
Estou usando o mais recente Karmic Koala 9.10. Eu atualizei de 9.04, sempre que eu reiniciar tenho que ir para o sistema - > Preferências - > Atalhos de teclado, e apenas abrindo-o vai permitir-me usar meus atalhos de teclado mais uma vez.
Qual daemon está sendo executado pelo Sistema - > Preferências - > Atalhos de teclado link? e como posso ativá-lo na inicialização?