Eu vim para o Linux a partir de um histórico da API do Win32. Como o Windows encerra o equivalente ao gerenciador de janelas e ao ambiente de área de trabalho do Linux em um único contêiner, simplesmente não há uma correspondência um para um. O Gtk e o Qt realmente são mais ou menos equivalentes à API do Win.
Tendo em mente que a própria API do Win, na maioria dos casos, é um invólucro em níveis mais baixos, se você quiser realmente entrar nos níveis mais baixos do sistema de janelas, pode ver a programação do X11. Por exemplo, Sistema X Window e Breve introdução à programação do X11 . Mas o Gtk e o Qt são projetados para serem wrappers em torno dessas funções.