Isso é muito simples? Basta colocar todos os arquivos em um único diretório de letras baseado no primeiro caractere do arquivo.
#!/bin/sh
for i in '/bin/ls | xargs'
do
dir='echo $i | cut -c 1 -'
mkdir -p $dir
mv $i $dir
done
Você não obtém os diretórios 'lib', mas pode criar regras especiais para outros prefixos.